Titlebook: Bioinformatik; Methoden zur Vorhers Gerhard Steger Textbook 2003 Springer Basel AG 2003 Algorithmen.Aminosäure.Bioinformatik.Biologie.Infor

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Protein-Sekundärstruktur-VorhersageDas Problem der Tertiärstrukturvorhersage für Proteine soll hier mit einem gekürzten Zitat aus einem Übersichtsartikel (Rost & O’Donoghue, 1997) eingeführt werden:

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Protein-Sekundärstruktur-Vorhersage per Neuronalem NetzProblem: Man hat eine ganze Reihe von Beispielen für eine bestimmte Eigenschaft gesammelt; z. B. DNA-Sequenzabschnitte, die funktional charakterisierten Promotoren entsprechen, oder Proteinsequenzen, die laut Röntgenstrukturoder NMR-Analysen in α-helikaler Konformation vorliegen.

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Inverse Proteinfaltung — „Threading“Aus der Beschreibung von Predict Protein in Kapitel 13 auf Seite 219 sollte klar geworden sein, dass die Berücksichtigung des evolutionären Zusammenhangs wertvoll für die Strukturvorhersage eines neuen Proteins ist. Der Haken hierbei ist natürlich die Erkennung der homologen Proteine:

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978-3-7643-6951-4Springer Basel AG 2003

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Seite 185 oder die RNA-Strukturvorhersage, ist sowohl für den reinen Anwender der Methode als auch für den Informatiker, der die Methode entwickelt, von großem Interesse („Kann ich der Vorhersage für mein spezielles Makromolekül glauben?“ bzw. „Ist die Methode im Mittel besser als eine andere?“).

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